Клуб покинул Бундеслигу в 1980 году на один сезон и вернулся туда со своим новым тренером Отто Реххагелем для новых побед: второе место в 1983 и 1986 годах, и еще одно звание чемпиона в 1988 году. В Кубке Германии «Вердер» выходил в финал в 1989 и 1990 годах, но окончательно победил в 1991 году. В последующем Европейском Кубке Кубков Бремен также был успешен и выиграл его в 1992 году. В 1993 году «Вердер» стал чемпионом в третий раз. Кубок Германии был выигран снова и на следующий год, 1994.

В 1995 году Рехагель ушел из команды, чтобы тренировать «Баварию Мюнхен», и это привело к кризису, который был разрешен только в 1999 году с приходом нового тренера Томаса Шаафа. Бремен выиграл у «Баварии» в финале Кубка. Последующие годы клуб закрепился в верхней половине таблицы лиги.

В 2004 году, спустя пять лет при Томасе Шаафе, Вердер завоевал свой 4-й титул чемпиона. Команда вырвалась на 9 очков вперед и имела две игры в запасе, перед выездной игрой с вечным соперником — «Баварией». Вердер победил 3:1 и оформил чемпионство. Чуть позже победили команду из Второй Бундеслиги «Алеманию (Аахен)» 3:2 в финале Кубка Германии. Это был 5-й кубок в истории клуба. В итоге, в 2004 был сделан золотой дубль (его добивались только четыре команды в Германии).

В 2009 году команда пробилась в финал Кубка УЕФА, но проиграла в овертайме донецкому «Шахтеру» — 1:2. Но зато выиграла в финале кубка Германии у леверкузенского «Байера» — 1:0, завоевав 6-й кубок в своей истории.